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A Casa das Histórias Paula Rego começou a ser construída em 2006, em Cascais, mas só em 2009 foi inaugurada, vencendo o Prémio Secil de Arquitectura, em 2010. Foi a própria pintora que escolheu Souto de Moura para dar vida ao museu que não só exibe obras suas como também do seu falecido marido, Victor Willing.
A Casa do Cinema Manoel de Oliveira, no Porto, foi construída com o objectivo de servir de residência e museu ao legado artístico do cineasta. O projecto foi lançado em 1998, mas só em 2003 ficou concluído. Contudo, a casa nunca chegou a ser utilizada.
Eduardo Souto de Moura foi o responsável pela coordenação da equipa que projectou a obra do Metro do Porto. Também ela coleccionou vários prémios, entre os quais, o Prémio FAD 'Ciutat i Paisatge', o Grande Prémio Enor e o Veronica Rudge Green Prize. O prolongamento da linha D (amarela) e a criação de uma nova linha, a G (rosa), a construir até 2021, contará com a participação do arquitecto, a fim de ser assegurada a coerência com o projecto existente.
Localizada num dos mais emblemáticos locais da cidade de Braga, a casa do Bom Jesus do Monte arrecadou, em 1995, o Prémio Internacional "Stone in Architecture", na Feira de Verona.
O Estádio Municipal do Braga, obra que o próprio destaca do seu vasto reportório, valeu-lhe um prémio FAD de Arquitectura, o prémio Secil e o Prémio Internacional de Arquitectura, atribuído pelo Chicago Athenaeum Museum.
Nas palavras do arquitecto: "É uma obra que tive a oportunidade de fazer no sítio e no momento certo. Fazer uma obra que vai desde uma intervenção de paisagem - mudei a geografia daquele sítio - até ter conseguido desenhar os puxadores das portas. É uma obra... em que os defeitos são meus."
Esta casa, construída na Serra da Arrábida, entre 1994 e 2002, localiza-se na berma de um aterro, no meio da natureza. Desta obra, Souta de Moura destacava "uma topografia muito forte, com pontos e janelas para uma serra recortada, com episódios que era preciso fixar, registar".
A Escola de Hotelaria e Turismo de Portalegre, idealizada em 2003 em parceria com a arquitecta Graça Correia, foi um projecto encomendado pelo Turismo de Portugal. Inaugurada em 2008, a escola fez parte do plano de reabilitação da antiga Fábrica Robinson.
Projectada em 1994 e finalizada em 2002, esta casa de Cascais marcou a transformação do estilo do arquitecto, adoptando um novo vigor e complexidade, no que às formas diz respeito. Com esta obra, o arquitecto pretendia focar "um mar imenso horizontal, o Atlântico, que não podia ser registado, porque não se consegue 'apanhar' um oceano - sempre diferente, sempre igual."
A Torre do Burgo, localizada numa das principais avenidas do Porto, é considerado um dos edifícios mais cosmopolitas da cidade.
O edifício destaca-se pela escala e pela junção de uma parte horizontal com outra vertical. Sobre a obra, Souto de Moura comentou: "uma torre de escritórios de 20 andares é um projecto fora do comum para mim. Comecei a minha carreira a construir casas unifamiliares."
Esta casa de 2007, localizada na Maia, foi projectada em 1996.